Los cambios que haga en Preferencias sólo se aplicarán cuando haya dado click en "Aceptar".
 
Lo que sí se queda guardado independientemente de si hace un cambio o no, es la pestaña que esté viendo, es decir, cada que vaya a preferencias aparecerá seleccionada la pestaña que seleccionó la última vez.

Los cambios que haga en preferencias se quedan guardados. Así que no es necesario volver a configurar sus preferencias cada que abre el programa.

Al desinstalar el programa se borran también sus preferencias y al volverlo a instalar se tendran entonces los valores como bienen de fábrica.